影响反渗透阻垢剂阻垢效果的因素很多。每个因素都有很大的变化范围。药剂浓度是影响阻垢效果的主要因素。其作用是防止胶体污染和结垢。一般情况下，阻垢剂在不同的应用条件下对阻垢分散有不同的影响。
钙硬和碱度的影响：
人们在反渗透阻垢剂处理实践中发现，水中钙硬和碱度对阻垢分散剂的效果影响巨大。随钙硬和碱度的增加，阻垢率下降，但影响程度是不相同的。
铁离子的影响：
反渗透阻垢剂效果对循环水中常常因金属腐蚀使铁离子浓度增加，特别是使用强腐蚀性水质的循环水系统和有物料泄漏系统，铁离子浓度有时高达5mg/L。铁离子对所有的药剂的阻磷酸钙垢均有巨大影响，随铁离子浓度增加，阻磷酸钙垢的效果大幅度下降。
与阻碳酸钙相比，水中钙硬和碱度对阻碳酸钙效果的影响更大。如除对药剂阻磷酸钙效果影响相对较小外这些药剂对磷酸钙几乎完全失去阻垢作用。
杀菌剂的影响：
反渗透阻垢剂自身浓度是显著影响阻垢分散效果的因素之一。对阻碳酸钙的影响与阻磷酸钙不同，对阻磷酸钙存在低浓度，只有药剂的浓度超过这个浓度，药剂才有阻磷酸钙的作用。浊度对药剂阻垢分散效果均有不同程度的影响，但对阻磷酸钙的影响更大，随浊度增加，阻磷酸钙的效果大幅度下降。铁离子对药剂阻垢分散作用影响明显，无论是对阻碳酸钙还是阻磷酸钙，都是随铁离子浓度的增加，阻垢分散效果下降。
